Coverage plot

ruby-cand-120




chr3R 12165644-12165836 -

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GSM154621 piRNAs associated with Ago3 from Drosophila melanogaster ovaries_SRR001344 dcr-2_beta-eliminated_GSM278692 GSM379065 Zuc Heterozygote_SRR001339 WT_females_non-beta-eliminated_SRR001348 ago2_oxidized_GSM278693 SRR010957 Aub IP in Ago3 trans-heterozygotes_SRX002242 SRR014270 Embryo_0-2hrs_rep1_NA_0_2hr_Emb_SRR031693_4 _SRR014268 Embryo_0-2hrs_rep1_HAR_0_2hr_Emb_SRR031704 2-O-methylated small RNAs from r2d2 homozygous flies_GSM466497 SRR014272 Embryo_0-2hrs_rep1_wK_0_2hr_Emb_GSM379050 Armi Heterozygote_SRR010952 "Ago3 trans-heterozygotes, oxidized"_SRX002237 SRR014271 Embryo_0-2hrs_rep1_w1118_0_2hr_Emb_SRR031696_2152 _GSM180336 "pupae: 0-1 day, 0-2 day, 2-4 day"_SRR001664 homozygous_dcr-2_untreated_GSM379061 Squ Heterozygote_SRR001337 WT_females_beta-eliminated_GSM278573 GSM343287 Drosophila Toll 10b mutant embryos_SRR023197 RNA Library from S2 control cells_SRR032092 mock oxidized_GSM280082 WT ovaries (18-29nt)_modENCODE_773SRR029033 lacZ knockdown_SRR001349 heterozygous_dcr-2_untreated_SRR023399 RNA bound by P19 protein_SRX008034 GSM379060 SpnE Heterozygote_GSM424740 S2 pKF63 stably transfected_SRR023400 total RNA extracted from P19 cells_SRR001338 IR_non-beta-eliminated_GSM467730 r2d2_GSM239052 "S2 cells, non beta-eliminated"_SRR029030 dcr-2 knockdown_SRR031701 Total small RNAs from r2d2 heterozygous flies_SRR001345 ago2_non-beta-eliminated_SRR014269 Embryo_0-2hrs_rep1_LK_0_2hr_Emb_SRR023407 RNA bound by NLS-P19 protein_SRX008041 GSM424739 S2 parental_GSM239041 "fly heads, non beta-eliminated"_GSM180337 tissue culture cells (S2 only)_SRR010960 "wt, oxidized"_SRX002245 SRR023402 total RNA extracted from NLS-P19 cells_GSM379059 Piwi Mutant_SRR001340 IR_beta-eliminated_GSM278575 SRR029028 untreated (mock)_GSM280084 loqs-/- ovaries (18-29nt)_modENCODE_774SRR031703 Total small RNAs from r2d2 homozygous flies_SRR032093 ago1 knockdown_GSM379052 Aub Heterozygote_GSM280085 WT testes (18-24nt)_modENCODE_772GSM180329 "adult bodies (female bodies, male bodies)"_SRR001346 ago2_beta-eliminated_GSM278648 SRR014275 Ovary_rep1_LK_P_SRR010951 "Ago3 heterozygotes, oxidized"_SRX002202 SRR014276 Ovary_rep1_NA(fem)_x_Har(male)_F1_SRR001343 dcr-2_non-beta-eliminated_GSM379066 Zuc Mutant_GSM379057 Krimp Mutant_GSM467731 loq_GSM154622 piRNAs associated with Aubergine from Drosophila melanogaster ovaries_
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.....................................................................................................AGTGATGAGGATGTGGAGGATGAG....................................................................2411.0010.000.001.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.00
..........................................................................................................TGAGGATGTGGAGGATGAGGATTAATG............................................................2711.0010.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.001.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.00
........................................................................................................GATGAGGATGTGGAGGATGAG....................................................................2111.0010.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.001.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.00
..........................................................................CCCCATTTTGCGCGTTTATGTTTGGA.............................................................................................2611.0010.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.001.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.00
...............................................................TTTCTTCTCTTCCCCATTTTGCGCGT........................................................................................................2611.0010.000.000.000.001.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.00
..............................................................................................................................ATTAATGGATGTGGAGGAGG...............................................2011.0010.001.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.00
..................................................................................................................................................ATATTTTGATGTTGATTTTGGCGTGGAT...................2811.0010.000.001.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.00
............ACGCAATGTCAACCACATTGA................................................................................................................................................................2111.0010.000.000.000.000.000.000.000.001.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.00
...................................................................................................................................................TATTTTGATGTTGATTTTGGCGTGGAT...................2711.0010.000.000.000.000.001.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.00
...................................................................................................................................................TATTTTGATGTTGATTTTGGCGTGG.....................2511.0010.000.000.000.000.000.000.000.000.000.001.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.00
..........................................................................................................TGAGGATGTGGAGGATGAGGA..................................................................2111.0010.000.000.000.000.000.000.001.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.00
.................................................................................TTGCGCGTTTATGTTTGGAGAGTGA.......................................................................................2511.0010.000.000.000.000.001.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.00
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.........ACAACGCAATGTCAACCACATT..................................................................................................................................................................2211.0010.000.000.000.000.000.001.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.00
............................................................................................TGTTTGGAGAGTGATGAGGATGTG.............................................................................2411.0010.000.000.000.001.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.00
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..TCCGAACACAACGCAATGTCAAC........................................................................................................................................................................2311.0010.000.001.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.00
..................................................................................................................................................................TTTGGCGTGGATTGGATAAATTTGG......2511.0010.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.001.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.00

Minus strand
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GSM154621 piRNAs associated with Ago3 from Drosophila melanogaster ovaries_SRR001344 dcr-2_beta-eliminated_GSM278692 GSM379065 Zuc Heterozygote_SRR001339 WT_females_non-beta-eliminated_SRR001348 ago2_oxidized_GSM278693 SRR010957 Aub IP in Ago3 trans-heterozygotes_SRX002242 SRR014270 Embryo_0-2hrs_rep1_NA_0_2hr_Emb_SRR031693_4 _SRR014268 Embryo_0-2hrs_rep1_HAR_0_2hr_Emb_SRR031704 2-O-methylated small RNAs from r2d2 homozygous flies_GSM466497 SRR014272 Embryo_0-2hrs_rep1_wK_0_2hr_Emb_GSM379050 Armi Heterozygote_SRR010952 "Ago3 trans-heterozygotes, oxidized"_SRX002237 SRR014271 Embryo_0-2hrs_rep1_w1118_0_2hr_Emb_SRR031696_2152 _GSM180336 "pupae: 0-1 day, 0-2 day, 2-4 day"_SRR001664 homozygous_dcr-2_untreated_GSM379061 Squ Heterozygote_SRR001337 WT_females_beta-eliminated_GSM278573 GSM343287 Drosophila Toll 10b mutant embryos_SRR023197 RNA Library from S2 control cells_SRR032092 mock oxidized_GSM280082 WT ovaries (18-29nt)_modENCODE_773SRR029033 lacZ knockdown_SRR001349 heterozygous_dcr-2_untreated_SRR023399 RNA bound by P19 protein_SRX008034 GSM379060 SpnE Heterozygote_GSM424740 S2 pKF63 stably transfected_SRR023400 total RNA extracted from P19 cells_SRR001338 IR_non-beta-eliminated_GSM467730 r2d2_GSM239052 "S2 cells, non beta-eliminated"_SRR029030 dcr-2 knockdown_SRR031701 Total small RNAs from r2d2 heterozygous flies_SRR001345 ago2_non-beta-eliminated_SRR014269 Embryo_0-2hrs_rep1_LK_0_2hr_Emb_SRR023407 RNA bound by NLS-P19 protein_SRX008041 GSM424739 S2 parental_GSM239041 "fly heads, non beta-eliminated"_GSM180337 tissue culture cells (S2 only)_SRR010960 "wt, oxidized"_SRX002245 SRR023402 total RNA extracted from NLS-P19 cells_GSM379059 Piwi Mutant_SRR001340 IR_beta-eliminated_GSM278575 SRR029028 untreated (mock)_GSM280084 loqs-/- ovaries (18-29nt)_modENCODE_774SRR031703 Total small RNAs from r2d2 homozygous flies_SRR032093 ago1 knockdown_GSM379052 Aub Heterozygote_GSM280085 WT testes (18-24nt)_modENCODE_772GSM180329 "adult bodies (female bodies, male bodies)"_SRR001346 ago2_beta-eliminated_GSM278648 SRR014275 Ovary_rep1_LK_P_SRR010951 "Ago3 heterozygotes, oxidized"_SRX002202 SRR014276 Ovary_rep1_NA(fem)_x_Har(male)_F1_SRR001343 dcr-2_non-beta-eliminated_GSM379066 Zuc Mutant_GSM379057 Krimp Mutant_GSM467731 loq_GSM154622 piRNAs associated with Aubergine from Drosophila melanogaster ovaries_