Coverage plot

ruby-cand-184




chr3R 7197811-7198009 +

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Plus strand
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GSM154621 piRNAs associated with Ago3 from Drosophila melanogaster ovaries_SRR029031 loqs-ORF knockdown_SRR001344 dcr-2_beta-eliminated_GSM278692 GSM379065 Zuc Heterozygote_SRR001339 WT_females_non-beta-eliminated_SRR001348 ago2_oxidized_GSM278693 GSM379051 Armi Mutant_SRR010957 Aub IP in Ago3 trans-heterozygotes_SRX002242 SRR014270 Embryo_0-2hrs_rep1_NA_0_2hr_Emb_SRR031693_4 _SRR014268 Embryo_0-2hrs_rep1_HAR_0_2hr_Emb_GSM379062 Squ Mutant_SRR014272 Embryo_0-2hrs_rep1_wK_0_2hr_Emb_GSM379050 Armi Heterozygote_GSM379056 Krimp Heterozygote_SRR010952 "Ago3 trans-heterozygotes, oxidized"_SRX002237 SRR014271 Embryo_0-2hrs_rep1_w1118_0_2hr_Emb_SRR031696_2152 _GSM180336 "pupae: 0-1 day, 0-2 day, 2-4 day"_SRR001664 homozygous_dcr-2_untreated_GSM379061 Squ Heterozygote_SRR010958 Piwi IP in Ago3 trans-heterozygotes_SRX002243 SRR001337 WT_females_beta-eliminated_GSM278573 SRR014281 Ovary_rep1_wK(fem)_x_w1118(male)_F1_SRR023197 RNA Library from S2 control cells_SRR032092 mock oxidized_GSM280082 WT ovaries (18-29nt)_modENCODE_773SRR029033 lacZ knockdown_SRR001349 heterozygous_dcr-2_untreated_SRR010956 Piwi IP in Ago3 heterozygotes_SRX002241 SRR023399 RNA bound by P19 protein_SRX008034 SRR010955 Aub IP in Ago3 heterozygotes_SRX002240 GSM379060 SpnE Heterozygote_GSM424740 S2 pKF63 stably transfected_SRR010954 "Aub trans-heterozygotes, oxidized"_SRX002239 SRR023400 total RNA extracted from P19 cells_SRR001338 IR_non-beta-eliminated_GSM467730 r2d2_GSM239052 "S2 cells, non beta-eliminated"_SRR029030 dcr-2 knockdown_SRR031701 Total small RNAs from r2d2 heterozygous flies_GSM379063 Vasa Heterozygote_SRR001345 ago2_non-beta-eliminated_SRR014269 Embryo_0-2hrs_rep1_LK_0_2hr_Emb_SRR023407 RNA bound by NLS-P19 protein_SRX008041 GSM424739 S2 parental_GSM239041 "fly heads, non beta-eliminated"_GSM180337 tissue culture cells (S2 only)_SRR010960 "wt, oxidized"_SRX002245 SRR023402 total RNA extracted from NLS-P19 cells_GSM280083 dcr-2-/- ovaries (18-29nt)_modENCODE_526GSM379059 Piwi Mutant_SRR001340 IR_beta-eliminated_GSM278575 SRR029028 untreated (mock)_GSM280084 loqs-/- ovaries (18-29nt)_modENCODE_774SRR031703 Total small RNAs from r2d2 homozygous flies_SRR032093 ago1 knockdown_GSM379054 Flam Heterozygote_GSM379052 Aub Heterozygote_GSM280085 WT testes (18-24nt)_modENCODE_772GSM180329 "adult bodies (female bodies, male bodies)"_SRR001346 ago2_beta-eliminated_GSM278648 SRR014275 Ovary_rep1_LK_P_SRR010951 "Ago3 heterozygotes, oxidized"_SRX002202 SRR014276 Ovary_rep1_NA(fem)_x_Har(male)_F1_SRR001343 dcr-2_non-beta-eliminated_GSM379066 Zuc Mutant_GSM379057 Krimp Mutant_GSM154622 piRNAs associated with Aubergine from Drosophila melanogaster ovaries_SRR010953 "Aub heterozygotes, oxidized"_SRX002238
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.......GCAAGGCAGAGAAAGCAGCGAA..........................................................................................................................................................................22131.00131.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.00
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......GGCAAGGCAGAGAAAGCAGCGAAA.........................................................................................................................................................................24116.00116.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.00
.CGAGGGGCAAGGCAGAGAAAGCAG..............................................................................................................................................................................24115.00115.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.00
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.CGAGGGGCAAGGCAGAGAAAGCA...............................................................................................................................................................................2319.0019.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.00
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.....GGGCAAGGCAGAGAAAGCAGCGAA..........................................................................................................................................................................2411.0011.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.00
...AGGGGCAAGGCAGAGAAAGCAGCG............................................................................................................................................................................2411.0011.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.00
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.......GCAAGGCAGAGAAAGCAGCGAAAGC.......................................................................................................................................................................2511.0011.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.00
....GGGGCAAGGCAGAGAAAGCAGCG............................................................................................................................................................................2311.0011.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.00

Minus strand
                                                                                                                                                                                                       SizeBlastTotal Norm# of librariesGSM343287 Drosophila Toll 10b mutant embryos_SRR031704 2-O-methylated small RNAs from r2d2 homozygous flies_GSM466497 GSM467731 loq_GSM379067 SpnE Mutant_GSM280087 S2cell (AGO2IP)_modENCODE_2379GSM467729 WT_GSM379058 Piwi Heterozygote_GSM280086 WT ovaries (AGO2IP)_modENCODE_2381SRR014273 Ovary_rep1_Har_P_GSM154620 piRNAs associated with Piwi from Drosophila melanogaster ovaries_SRR031697 Total small RNAs from dcr-2 heterozygous flies_SRR001347 ago2_untreated_SRR001342 WT_males_beta-eliminated_GSM278574 GSM379064 Vasa Mutant_GSM154618 23-29 nucleotide RNAs from Drosophila melanogaster ovaries_GSM379053 Aub Mutant_GSM231091 "PIWI-associated piRNA in Drosophila melanogaster ovary (454 Pyrosequencing, 2006)"_SRR031702 2-O-methylated small RNAs from r2d2 heterozygous flies_GSM466495 GSM246084 D. melanogaster adult male heads 454_SRR014274 Ovary_rep1_LK(fem)_x_Har(male)_F1_GSM239050 "fly heads, beta-eliminated"_SRR031700 2-O-methylated small RNAs from dcr-2 homozygous flies_GSM466493 GSM379055 Flam Mutant_SRR032095 AGO1 IP dcr2 knockdown_GSM442736GSM180333 late embryo (12-24)_SRR031698 2-O-methylated small RNAs from dcr-2 heterozygous flies_GSM466491 SRR029029 dcr-1 knockdown_GSM180334 larvae: 1st instar and 3rd instars_SRR014282 Ovary_rep1_wK_P_GSM280088 S2cell (AGO1IP)_modENCODE_2380SRR030145 _SRR014278 Ovary_rep1_w1118(fem)_x_Har(male)_F1_SRR014279 Ovary_rep1_w1118(fem)_x_wK(male)_F1_GSM239051 "S2 cells, beta-eliminated"_SRR032094 ago2 knockdown_SRR029633 total small RNAs from hen1 homozygous flies_SRR010959 Ago3 IP in heterozygotes_SRX002244 GSM180332 mid embryo (6-10)_SRR031699 Total small RNAs from dcr-2 homozygous flies_SRR014280 Ovary_rep1_w1118_P_GSM180331 early embryo (2-6)_SRR029032 r2d2 knockdown_SRR014277 Ovary_rep1_NA_P_GSM180330 very early embryo (0-1)_SRR031692 Total small RNAs from Oregon R_SRR001341 WT_males_non-beta-eliminated_GSM180335 imaginal discs_GSM424741 S2 pKF63 transiently transfected_GSM180328 "adult heads (female heads, male heads)"_SRR032096 AGO2 IP dcr2 knockdown_GSM442736 GSM266765 Siomi Lab fruit fly S2 AGO2 Cloned Sequences v1.0_. GSM154621 piRNAs associated with Ago3 from Drosophila melanogaster ovaries_SRR029031 loqs-ORF knockdown_SRR001344 dcr-2_beta-eliminated_GSM278692 GSM379065 Zuc Heterozygote_SRR001339 WT_females_non-beta-eliminated_SRR001348 ago2_oxidized_GSM278693 GSM379051 Armi Mutant_SRR010957 Aub IP in Ago3 trans-heterozygotes_SRX002242 SRR014270 Embryo_0-2hrs_rep1_NA_0_2hr_Emb_SRR031693_4 _SRR014268 Embryo_0-2hrs_rep1_HAR_0_2hr_Emb_GSM379062 Squ Mutant_SRR014272 Embryo_0-2hrs_rep1_wK_0_2hr_Emb_GSM379050 Armi Heterozygote_GSM379056 Krimp Heterozygote_SRR010952 "Ago3 trans-heterozygotes, oxidized"_SRX002237 SRR014271 Embryo_0-2hrs_rep1_w1118_0_2hr_Emb_SRR031696_2152 _GSM180336 "pupae: 0-1 day, 0-2 day, 2-4 day"_SRR001664 homozygous_dcr-2_untreated_GSM379061 Squ Heterozygote_SRR010958 Piwi IP in Ago3 trans-heterozygotes_SRX002243 SRR001337 WT_females_beta-eliminated_GSM278573 SRR014281 Ovary_rep1_wK(fem)_x_w1118(male)_F1_SRR023197 RNA Library from S2 control cells_SRR032092 mock oxidized_GSM280082 WT ovaries (18-29nt)_modENCODE_773SRR029033 lacZ knockdown_SRR001349 heterozygous_dcr-2_untreated_SRR010956 Piwi IP in Ago3 heterozygotes_SRX002241 SRR023399 RNA bound by P19 protein_SRX008034 SRR010955 Aub IP in Ago3 heterozygotes_SRX002240 GSM379060 SpnE Heterozygote_GSM424740 S2 pKF63 stably transfected_SRR010954 "Aub trans-heterozygotes, oxidized"_SRX002239 SRR023400 total RNA extracted from P19 cells_SRR001338 IR_non-beta-eliminated_GSM467730 r2d2_GSM239052 "S2 cells, non beta-eliminated"_SRR029030 dcr-2 knockdown_SRR031701 Total small RNAs from r2d2 heterozygous flies_GSM379063 Vasa Heterozygote_SRR001345 ago2_non-beta-eliminated_SRR014269 Embryo_0-2hrs_rep1_LK_0_2hr_Emb_SRR023407 RNA bound by NLS-P19 protein_SRX008041 GSM424739 S2 parental_GSM239041 "fly heads, non beta-eliminated"_GSM180337 tissue culture cells (S2 only)_SRR010960 "wt, oxidized"_SRX002245 SRR023402 total RNA extracted from NLS-P19 cells_GSM280083 dcr-2-/- ovaries (18-29nt)_modENCODE_526GSM379059 Piwi Mutant_SRR001340 IR_beta-eliminated_GSM278575 SRR029028 untreated (mock)_GSM280084 loqs-/- ovaries (18-29nt)_modENCODE_774SRR031703 Total small RNAs from r2d2 homozygous flies_SRR032093 ago1 knockdown_GSM379054 Flam Heterozygote_GSM379052 Aub Heterozygote_GSM280085 WT testes (18-24nt)_modENCODE_772GSM180329 "adult bodies (female bodies, male bodies)"_SRR001346 ago2_beta-eliminated_GSM278648 SRR014275 Ovary_rep1_LK_P_SRR010951 "Ago3 heterozygotes, oxidized"_SRX002202 SRR014276 Ovary_rep1_NA(fem)_x_Har(male)_F1_SRR001343 dcr-2_non-beta-eliminated_GSM379066 Zuc Mutant_GSM379057 Krimp Mutant_GSM154622 piRNAs associated with Aubergine from Drosophila melanogaster ovaries_SRR010953 "Aub heterozygotes, oxidized"_SRX002238
........................................AATCATCGAGAGCTGAGAAGCG.........................................................................................................................................2211.0010.000.001.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000.00