| Candidate miRNAs |
coordinates | Strand | Min/Max locations | Number of reads | Antisense |
WT Ago1IP | Ago1IP from mutants | Ago2 IP/beta/2Ome | Piwi-class |
| sblock180959 | chrX:9219729-9219977 | -
| 1 / 2 | 850.500 | 3.000 | 8.000 | 17.000 | 38.000 | 6.000 |
| sblock222077 | chr3RHet:576709-576818 | +
| 1 / 5 | 389.700 | 195.850 | 5.000 | 0.000 | 53.400 | 2.500 |
| sblock48653 | chr2R:15518559-15518698 | -
| 1 / 1 | 387.000 | 0.000 | 12.000 | 8.000 | 0.000 | 2.000 |
| sblock87528 | chr3L:17013465-17013573 | -
| 1 / 1 | 258.000 | 237.000 | 3.000 | 33.000 | 3.000 | 0.000 |
| sblock39251 | chr2R:5094541-5094624 | -
| 1 / 1 | 238.000 | 0.000 | 2.000 | 8.000 | 0.000 | 2.000 |
| sblock2166 | chr2L:2752856-2752943 | -
| 1 / 1 | 192.000 | 91.000 | 7.000 | 12.000 | 2.000 | 0.000 |
| sblock20749 | chr2L:4994455-4994605 | +
| 1 / 1 | 152.000 | 118.000 | 0.000 | 0.000 | 0.000 | 37.000 |
| sblock109902 | chr3L:21200899-21201043 | +
| 1 / 1 | 136.000 | 13.000 | 4.000 | 1.000 | 1.000 | 0.000 |
| sblock179483 | chrX:7824544-7824616 | -
| 1 / 2 | 126.000 | 1.000 | 0.000 | 0.000 | 0.000 | 0.000 |
| sblock82878 | chr3L:9420980-9421185 | -
| 1 / 1 | 95.000 | 43.000 | 0.000 | 0.000 | 14.000 | 7.000 |
| sblock97631 | chr3L:4091108-4091180 | +
| 1 / 1 | 77.000 | 0.000 | 75.000 | 0.000 | 0.000 | 0.000 |
| sblock221622 | chr3R:19094949-19095044 | +
| 1 / 2 | 73.500 | 40.500 | 0.000 | 22.000 | 2.000 | 2.000 |
| sblock183131 | chrX:11611112-11611229 | -
| 1 / 1 | 67.000 | 54.000 | 3.000 | 1.000 | 3.000 | 2.000 |
| sblock126871 | chr3R:14243645-14243731 | -
| 1 / 2 | 66.500 | 0.000 | 1.000 | 3.000 | 4.000 | 1.000 |
| sblock180544 | chrX:8914206-8914441 | -
| 1 / 4 | 65.000 | 1.000 | 0.000 | 4.000 | 0.000 | 0.000 |
| sblock36967 | chr2R:2948548-2948660 | -
| 1 / 1 | 57.000 | 1.000 | 0.000 | 0.000 | 5.000 | 0.000 |
| block806263 | chr2R:11750900-11750969 | -
| 1 / 1 | 48.000 | 2.000 | 2.000 | 5.000 | 1.000 | 1.000 |
| sblock60249 | chr2R:7175206-7175338 | +
| 1 / 1 | 46.000 | 25.000 | 0.000 | 0.000 | 5.000 | 2.000 |
| sblock21449 | chr2L:5745968-5746114 | +
| 1 / 1 | 43.000 | 0.000 | 1.000 | 0.000 | 0.000 | 1.000 |
| block2035391 | chr3R:4777401-4777494 | -
| 1 / 1 | 40.000 | 0.000 | 1.000 | 2.000 | 0.000 | 1.000 |
| sblock124455 | chr3R:11018013-11018093 | -
| 1 / 1 | 39.000 | 2.000 | 1.000 | 0.000 | 0.000 | 0.000 |
| sblock95357 | chr3L:1618752-1618897 | +
| 1 / 1 | 38.000 | 1.000 | 0.000 | 4.000 | 3.000 | 0.000 |
| sblock160004 | chr3R:27223596-27223699 | +
| 1 / 1 | 32.000 | 1.000 | 0.000 | 0.000 | 2.000 | 0.000 |
| sblock26534 | chr2L:12284769-12284877 | +
| 1 / 1 | 32.000 | 0.000 | 0.000 | 0.000 | 0.000 | 0.000 |
| sblock2092 | chr2L:2564761-2564824 | -
| 1 / 1 | 31.000 | 0.000 | 9.000 | 0.000 | 1.000 | 0.000 |
| sblock103084 | chr3L:11689515-11689577 | +
| 1 / 1 | 29.000 | 17.000 | 2.000 | 0.000 | 1.000 | 0.000 |
| sblock152513 | chr3R:18423296-18423379 | +
| 1 / 1 | 29.000 | 0.000 | 0.000 | 1.000 | 0.000 | 0.000 |
| sblock2216 | chr2L:2765182-2765267 | -
| 1 / 1 | 29.000 | 0.000 | 0.000 | 3.000 | 0.000 | 0.000 |
| sblock96228 | chr3L:2633100-2633185 | +
| 1 / 1 | 28.000 | 0.000 | 0.000 | 0.000 | 0.000 | 1.000 |
| sblock177188 | chrX:4976268-4976379 | -
| 1 / 3 | 26.333 | 1.000 | 1.000 | 1.000 | 0.000 | 1.000 |
| sblock181949 | chrX:10395825-10395903 | -
| 1 / 1 | 24.000 | 2.000 | 0.000 | 1.000 | 1.000 | 0.000 |
| block631678 | chr2RHet:1621869-1621978 | +
| 1 / 5 | 21.000 | 16.400 | 0.000 | 2.000 | 1.000 | 3.000 |
| sblock67159 | chr2R:14754950-14755045 | +
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| sblock175500 | chrX:3190685-3190762 | -
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| sblock87333 | chr3L:16720506-16720597 | -
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| sblock53978 | chr2R:1252139-1252239 | +
| 1 / 8 | 7.518 | 2.357 | 0.000 | 0.125 | 0.000 | 0.125 |
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| 1 / 1 | 7.000 | 0.000 | 1.000 | 0.000 | 1.000 | 0.000 |
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| 1 / 1 | 2.000 | 0.000 | 0.000 | 0.000 | 1.000 | 0.000 |