C.briggsae small RNAs

miR-Intess™

miR classification

miR expression

cel-mir-76

cel-mir-76

Cloning frequencies
absolute	AF16
cel-mir-76 3arm	14
normalized	AF16
cel-mir-76 3arm	0.036

cel-mir-76 relative cloning frequencies

block1888 (miRBaseHomolog cel-mir-76) [miRBaseHomolog_cloningOK_randfoldOK]

Hairpin parameters
miRNA	randfold	RNA	rep	GC min/max	len min/max/mir_range	5'var	3'var	reads	reads edited	libs	libs edited	base distance	loop distance	position	locations	exon distance	unpaired	max bulge	total reads	total libs	dicer	drosha
miRBaseHomolog cel-mir-76	0.001	no	no	0.35/0.35	20/20/1.00	0.0	0.0	14	0	1	0	18	6	3arm	1	nd	0.05	1	14	1	na	na

block1888 hairpin

		reads	miRBase family seed
seed	--------------------------------------------------------------------------------------UCGUUGU-----------------------------------------------------------	14	novel
		len	cloning frequencies
			AF16
	-------------------------------------------------------------------------------------TTCGTTGTTGATGAAGTCTT-----------------------------------------------	20	14
cbriggsae	----------------------ATCCCTCATTCGCCAATTAGGACTTCACAACATGCGAATACCACCACTTCTA-----TGGATATTCGTTGTTGATGAAGTCTTAATGGACGTCT--GCGGGGT---------------------------
cremanei	----------AAGTTTGATCTACTCGCCCGTCCACCTTTTAGGACTTCACGACAATCGAATACC-----TTCCACACACTGGATATTCGTTGTTGATGAAGTCTTAATGGGTGTCTTGAATCGGGGACCGTTTTTTTAAACTT---------
celegans	-----------AGGTAAGATAAAATTTCAGCT--CCTGTCTGGGCTTCACAATAGTCGAATACCTTAAATTTCAAAATTTGGATATTCGTTGTTGATGAAGCCTTGATGGGGGT------GAGAAAGAAGTTTGCTTAGCT-----------
cbrenneri	------------------------GCCCTATCCATCTGTCAGGACTTCACAATAGTCGAATACCGATAGC---------AGGATATTCGTTGTTGATGAAGTCTTAATGGGTGTTTTGATGGGGT---------------------------
cjaponica	TTTTTCGACACAGTTGAAATGAGTGCTACCGTAACCCATTAAAAAATGTAAACAGG-------------TTCTA-----TTGTTTTTCGTTGTTTA---------AATGGGTTTC-------GGTCGCACTCATTTCAACTGTGTCGAAAAA
	* * * * * * * ********* * **** * *
cbriggsae	(((((.((..((((.(((((((((((((((((.((((((((((......... ))).)))))))))))).)))))))))))))).))..) ).)))))	1.000 -42.60
cremanei	((((((((...((((.(((((((((((.(((((((((((((((((.((((((.. .((((.....)))))))))))))))).))))))))))).)))))....))..))))))..))....))))))))	0.997 -47.40
celegans	((.((((...(((((((.((( ((((((.((((((((((((((.((((((((..(((((....))))))).)))))))))))).)))))))).))))))))) ......))))))).)))).))	0.999 -46.80
cbrenneri	(((((((((((((((.(((((((((((((((.((((((((...... .)).)))))))))))).))))))))).)))))))....))))))))	1.000 -42.10
cjaponica	.(((((((((((((((((((((((((.((((.(((((((((((.((((.((((((. ..... ))))))..)))).)))) ).)))))).) ))).))))))))))))))))))))))))).	1.000 -66.90

cbriggsae	chromosome:chrIII_random:852345:852440:1	{Repeats: no}
cremanei	chromosome:chrUn:119622816:119622943:-1	intergenic
celegans	chromosome:chrIII:3142023:3142144:1	intergenic ## {MIR: cel-mir-76}
cbrenneri	chromosome:chrUn:44284723:44284814:-1	intergenic
cjaponica	chromosome:chrUn:96671466:96671583:-1	Opposite_strand\|Intronic_coding\|NM_005381

©2008 InteRNA Genomics B.V.