C.elegans small RNAs

miR-Intess™

miR classification

miR expression

cel-mir-249

cel-mir-249

Cloning frequencies
absolute	CE1
cel-mir-249 3arm	2
normalized	CE1
cel-mir-249 3arm	0.001

cel-mir-249 relative cloning frequencies

block7671 (miRBase cel-mir-249) [miRNAknown_randfoldOK]

Hairpin parameters
miRNA	randfold	RNA	rep	GC min/max	len min/max/mir_range	5'var	3'var	reads	reads edited	libs	libs edited	base distance	loop distance	position	locations	exon distance	unpaired	max bulge	total reads	total libs	dicer	drosha
miRBase cel-mir-249	0.001	no	no	0.52/0.52	23/23/1.00	0.0	0.0	2	0	1	0	14	7	3arm	1	nd	0.13	1	2	1	na	na

block7671 hairpin

		reads	miRBase family seed
seed	---------------------------------------------------------------------------------CACAGGA----------------------------------------------------	2	miR-249
		len	cloning frequencies
			CE1
cel-miR-249	--------------------------------------------------------------------------------TCACAGGACTTTTGAGCGTTGCC-------------------------------------	23	2
celegans	-----------------ATACTCT-TGAACGACTAGCAACGCACAAACGTCTTCTGTGCGACAA--CATCTGAATGTTTGTCACAGGACTTTTGAGCGTTGCCAGTC---GAAAGAGGAA--------------------
cbriggsae	GCTATTTGTTATTTTGTGCGCCCTCAATGCTACTAGCAACGCTCAAAAAT-CACTGTACGACAAATGACT--ATATTTTGTCACAGGATTTTTGAGTGTTGCTAGTC---GGAGAAGGGCCGTCTTGAAATAATTCAGGT
cjaponica	-----TTTTAAATTGTTTTCCTCTCCCTGT--CTAGCGGCGC-CAAAAGATTACTGTGAGGCAAAGAAATGGTGAGCTTGTCACAGGACTTTTGAGCGTTGCTAGTTATAGAGGATGGAATTGTAAGTTTTTGA------
cbrenneri	-CTAACTTTTATTTTTTTGTCTCTCTGAGCTACTAGCAACGC-TAGAAGTCTACTGTTAGACAGAGTACA-GAAATTTTGTCACAGGACTTTTGAGCGTTGCTGGTTAATGAGAGCCTATT--TTAGTAATTAGTAAG--
cremanei	TCTCATTACT-TCTATTTTGTTTTCTACGTGACTAGCAACGCACAAAAGT-TTCTGTGCGACAA---ATATGAAATTTTGTCACAGGACTTTTGAGCGTTGCTAGTT---GAAAGAAGATTCACTATGATCAGATCAGG-
	* *** * * * **** * ** * ********* *** * *
celegans	...(((( (...(((((.(((((((.((((.(((..((((((((..( (((....))))))).)))))))).)))).))))))).)))) ).)))))...	1.000 -40.60
cbriggsae	(((....(((((((((.(((((((.....((((((((((((((((((((( (.((((..((((((..... ....)))))))))))))))))))))))))))))). ))...))))).))..)))))))))...)))	0.968 -54.70
cjaponica	....(((((...((((..((((((( (((((((((( ((((((....(((((((((.............)))..))))))..)))))).))))))))))..)))).))).)))).....)))))....	0.993 -42.12
cbrenneri	...(((.(((((.......(((((......((((((((((( ((((((((..((((..((((((((... ...))))))))))))))))))).))))))))))))....)))))...... ..)))))..)))...	0.987 -45.96
cremanei	.((.(((... ((......(((((((...(((((((((((((.((((((. ((((((..((((( (........)))))))))))))))))).)))))))))))) )..))))))).......))...))).)).	0.826 -45.32

celegans	chromosome:X:3006432:3006528:-1	intergenic ## {SimpF: yk384d7 -1 RNAi} ## {MIR: cel-mir-249}
cbriggsae	chromosome:chrX:7892480:7892613:-1	Opposite_strand\|Intronic_coding\|NM_178660 ## Same_strand\|Intronic_coding\|NM_133381 ## {MIR: cbr-mir-249}
cjaponica	chromosome:chrUn:20281422:20281547:1	intergenic
cbrenneri	chromosome:chrUn:1355930:1356062:-1	intergenic
cremanei	chromosome:chrUn:4287059:4287189:1	intergenic

©2008 InteRNA Genomics B.V.